מערכת ההפעלה מבית Synology הינה מערכת הפעלה מבוססת ג'אווה, אשר מסוגלת לעבוד על כל פלטפורמה המריצה את המכונה הוירטואלית של ג'אווה, בין אם מדובר במחשב המריץ את מערכת ההפעלה Windows, UNIX או OS X, או התקנים ניידים כמו טאבלטים וסמארטפונים. הכניסה למערכת ההפעלה תתחיל לרוב דרך ה-Synology Assistant משום שבמקרים רבים יהיו מחוברים אל אותה הרשת יותר מהתקן NAS יחיד.
בנוסף, ניתן באמצעות קביעת הרשאות מתאימות לבצע התחברות לשרת האישי שלנו דרך האינטרנט ולא רק באמצעות הרשת המקומית. לחיצה כפולה על השורה ב-Synology Assistant המכילה את שם השרת הספציפי שלנו תפתח עבורנו בדפדפן ברירת המחדל שלנו את עמוד הכניסה למערכת ההפעלה. בשלב זה תדרוש מאיתנו המערכת את שם המשתמש והסיסמא אותם הגדרנו בעת התקנת המערכת.
לאחר מכן נגיע לשולחן העבודה הקלאסי של DSM. משתמשי Linux ירגישו בשלב זה בבית. המערכת מזכירה במידה לא מבוטלת בעיצובה את גרסת Ubuntu של מערכת ההפעלה החופשית הידועה. עם זאת, אין פירוש הדבר כי מי שעבד במשך שנים עם Windows לא ירגיש בנוח. המערכת ברורה למדי והשימוש בה אינטואיטיבי.
רוב רובה של העבודה מול DSM 4.0 עוברת דרך התפריט הראשי. מצדו השמאלי העליון של מסך התוכנה ניתן למצוא את כפתור התפריט הראשי, אשר מקביל בייעודו לכפתור ה"התחל" של Windows. תחת כפתור זה נמצאת רשימת היישומים הבסיסיים והחשובים ביותר בתפעול המערכת. מבין שלל היישומים המופיעים תחת תפריט זה, החשובים ביותר הם Control Panel ו-File Station. הראשון, כפי ששמו מעיד עליו, מאגד תחתיו את שלל הגדרות המערכת ואפשרויות השליטה בה. השני מספק גישה למערכת הקבצים על הדיסק הקשיח המקומי ובשרת ומאפשר הוצאה לפועל של שורת פקודות נפוצות כמו העתקה, הדבקה, גזירה והפעלת קבצים.
הממשק של File Station עשוי להרגיש מוזר עבור מי שמעולם לא עבד עם תוכנות FTP משום שהטרמינולוגיה המשמשת את האפליקציה זהה לזאת של תוכנות FTP ופחות דומה לזאת של מערכות הפעלה סטנדרטיות. עם זאת, קל מאוד להבין מטקסט עצמו מה מטרתה של כל פקודה. הדבר מצריך שינוי מחשבתי קל אך ברגע שמבינים את הרעיון הכללי תצורת העבודה של המשתמש משתנה בקלות ומתאימה עצמה למערכת. עיקר השינוי התפיסתי נובע מכך כי במקום לעבוד על מערכת קבצים אשר נפרסת מנקודה אחת כלפי מטה כמו עץ הספריות של Windows, המתחיל בשם הכונן המקומי ומתפרס לתיקיות השונות, במערכת דמוית FTP אנו בוחרים קבצים מהכונן המקומי, ומעלים אותם לשרת. תפיסת עבודה ליניארית כלפי מעלה, ולא מטה.
