לפי כתבה באתר התמיכה של Apple, ה-iPod Shuffle לא יכול לנגן את כל הקבצים ש-iPod-ים אחרים יכולים. אם תנסו לנגן קובץ מקודד AAC שלא קודד דרך iTunes, ה-iPod Shuffle אולי לא ינגן אותו ויקפוץ לקובץ הבא. כדי להימנע מהבעיה תמיד דאגו לקודד את כל הקבצים שמיועדים ל-iPod Shuffle דרך iTunes.
מוזיקה שנקנתה דרך iTunes אינה מושפעת מהתופעה.
עם בעיות כאלו, העתיד של ה-iPod Shuffle לא נראה ורוד. בנוסף לכך יש נגנים באותו מחיר שכוללים עיצוב מעניין יותר, מסך עם תאורה אחורית ואף קטנים יותר (לדוגמא Creative MuVo TX FM / V200). אפילו נגנים ברבע מהמחיר כוללים תצוגה עם תאורה אחורית, בניגוד ל-iPod Shuffle שאינו כולל שום אמצעי תצוגה.