נוסף על ההגדרות והאפשרויות הסטנדרטיות, תוכנת ההתקנים כוללת אפשרות להקלטת מאקרו, כלומר, שילוב של מספר לחיצות של העכבר בכפתור אחד. בעת בדיקותינו אפשרות זו עבדה היטב, אם כי היא מוגבלת עד ל-10 פעולות מאקרו לכל מקש בלבד.
בשונה ממרבית ההתקנים של עכברי הגיימינג, Mionix בחרו להגביל אותנו ב-3 אפשרויות רזולוציה בלבד, ו-3 פרופילים. הרזולוציות הניתנות לבחירה הינן מוגבלות ל-800dpi, 1600dpi ו-3200dpi, אם כי כפי שציינו קודם לכן, הטווחים הללו יספקו את רוב המשתמשים. מגבלה אחת שתשמע משמעותית עבור חובבי הלדים והתאורה, היא שניתן לבחור אך ורק 3 צבעים ללדים, וכמו כן אין אפשרות לכבות אך ורק את הלד בגלגלת או בלוגו בנפרד, אלא רק את שניהם יחדו.
בדומה למרבית ההתקנים של עכברי הגיימינג, תוכנת ההתקנים מגיעה עם כל האפשרויות הסטנדריות במלואן דוגמת שליטה על המהירות, כפתורים, האצה וקצב רענון של ה-USB, תוכנת ההתקנים כוללת אפשרות להקלטת מאקרו. בעת בדיקותינו אפשרות זו עבדה היטב, אם כי היא מוגבלת עד ל-10 פעולות מאקרו לכל מקש בלבד. נראה כי Mionix בחרה להגביל את המשתמש, ולא מסיבה של חסכון בעלות משום שכל ההגבלות הינן תוכנתיות בלבד, אלא בכדי לתת לאח הגדול של ה-Naos 3200, ה-Naos 5000 ייתרון ברור על פניו, כאשר בתוכנת ההתקנים שלו רוב האפשרויות הן מפורטות יותר ולא מוגבלות.